Tujuan penjaminan mutu Poltekkes Kemenkes Surabaya adalah memelihara dan meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara berkelanjutan, yang dijalankan secara internal untuk mewujudkan visi dan misi Poltekkes Kemenkes Surabaya, serta untuk memenuhi kebutuhan stakeholdersmelalui penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi.

Sistem Penjaminan Mutu dilaksanakan secara internal oleh Poltekkes kemenkes Surabaya, dikontrol dan diaudit melalui kegiatan akreditasi yang dijalankan oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi atau LAM-PT Kes secara eksternal. Sehingga obyektifitas penilaian terhadap pemeliharaan dan peningkatan mutu akademik secara berkelanjutan di Poltekkes Kemenkes Surabaya dapat terwujud.